W układzie pokarmowym działa łagodząco przy bardzo wielu objawach, czasami nawet przy przeciwstawnych. Stosowane jest przy biegunkach lub zaparciach, a także zapobiegawczo, dla zapewnienia prawidłowej perystaltyki jelit. Szczególnie cenione przy wszelkich nieżytach i nadkwasotach, a nawet wrzodach.

Spożywane także w celu dostarczania organizmowi wielu cennych substancji, jak mikroelementy, oraz cholina, znajdująca się w lecytynie. Siemię posiada wysoką zawartość nienasyconych kwasów tłuszczowych, które usuwają nadmiar tzw. złego cholesterolu z organizmu. Siemię jest również bogate w łatwo przyswajalne białka, a szczególnie w egzogenne. Ponadto jest wyjątkowo bogate w tzw. fitohormony, a przez to zalecane jako środek wspomagający w profilaktyce nowotworowej.

Siemię spożywane jest również w celu zwiększenia wilgotności śluzówki, stosowane przy suchym kaszlu, a także wspomagająco przez osoby forsownie używające swojego głosu (np. śpiewacy).